مع انشغال العالم بسلسلة التفجيرات التي ضربت إندونيسيا الخميس تباينت التقديرات حول هوية الجهة التي قد تقف خلف العملية، فرغم أن تنظيم الدولة الإسلامية "داعش" قد سبقت له محاولة دخول الساحة، إلا أن البلاد كانت في السابق قد واجهت مخاطر وتهديدات من أكثر من تنظيم. دور داعش لدى تنظيم داعش حضور في إندونيسيا حيث حاول لفترة إقامة "خلافة نائية" بعيدا عن مركز الأحداث في الشرق الأوسط، وفقا لما أكده مكتب المدعي العام الاسترالي، جورج برانديس، في تقرير سابق له، إذ نقلت عنه صحيفة استرالية في ديسمبر/كانون الثاني الماضي قوله إن داعش "حدد إندونيسيا كأرض ممكنة لتحقيق طموحاته." وتعتقد الحكومة الإندونيسية أن قرابة 700 من مواطنيها سافروا إلى سوريا خلال السنوات الماضية للقتال بمواجهة نظام الرئيس بشار الأسد، وقد انضم العدد الأكبر منهم إلى داعش بما يفوق بكثير من انضموا إلى حركات مسلحة أخرى. كما ظهر مقاتلون إندونيسيون في مشاهد ترويجية مصورة بثها تنظيم داعش، وقد أعلنت الشرطة الإندونيسية العام الماضي أنها أفشلت خطة لإحداث تفجيرات بتخطيط من تنظيم داعش. إرهاب محلي المنشأ خاضت إندونيسيا مواجهة طويلة مع الإرهاب المحلي المنشأ، وخاصة تنظيم "الجماعة الإسلامية"، الذي أعلن مسؤوليته عن تنفيذ 11 هجوما خلال الفترة ما بين عامين 2000 و2010، بما في ذلك تفجير جزيرة "بالي" الدموي عام 2002، والذي أدى إلى مقتل 200 شخص وجرح المئات، معظمهم من السياح الأجانب. وسبق لتنظيمات أصغر حجما أن أعلنت مسؤوليتها عن عمليات أخرى، بما فيها عام 2005 قيام مجموعة مسلحة بقطع رؤوس ثلاثة من المراهقين المسيحيين. وقد بروز خطر "الجماعة الإسلامية" التي لها ارتباطات مع تنظيم القاعدة، كانت إندونيسيا تواجه تنظيما خطيرا يحمل اسم "دار الإسلام" ويقوم مشروعه السياسي على تأسيس "خلافة إسلامية" في منطقة جنوب شرق آسيا تربط المسلمين في إندونيسيا وماليزيا والفلبين وتايلاند. غير أن ماليزيا تمكنت منذ عام 2009 من توجيه ضربات قاسية إلى الإرهاب على أراضيها، وخاصة بعد تأسيس ما يعرف بـ"الوحدة 88" المتخصصة بمحاربة الإرهاب، والتي تولت أمريكا واستراليا دعمها.