المفكر الإسلامى د. محمد عمارة أكد أن أخطر ما في التعديلات التى أجراها الانقلابيين على دستور 2012 هو إضفاء الشرعية الدستورية على انقلاب 30 يونيو مضيفا د .عماره أنهم حذفوا النص على أن مصر جزء من الأمة الإسلامية مع الأمة العربية، وحذفوا النص على الشورى مع الديمقراطية، وحذفوا أخذ رأي هيئة كبار العلماء في الشؤون المتعلقة بالشريعة الإسلامية، كما حذفوا التفسير الذي وضعه الأزهر لمبادئ الشريعة الإسلامية، وضيَّقوا نطاق تلك المبادئ، وحصروها فيما انتهت إليه المحكمة الدستورية العليا. وأضاف د. عمارة أنهم حذفوا كذلك المادة التي كانت تحظر الإساءة أو التعريض بالرسل والأنبياء كافة، كما أنهم حذفوا المادة التي كانت تنص على تعريب العلوم والمعارف والتعليم. وتابع عضو هيئة كبار العلماء: كما أنهم حذفوا المادة التي كانت تدعو إلى إنشاء المفوضية الوطنية لمكافحة الفساد. وقال: إنهم نصوا على تجريم إقامة الأحزاب على أساس ديني، بعد أن كان دستور 2012 يمنع إقامة الأحزاب التي تفرِّق بين المواطنين على أساس ديني. موضحا د. عمارة أن الدستور الجديد يكرِّس لسيطرة المجلس الأعلى للقوات المسلحة بالنص على أنه هو الذي يختار وزير الدفاع، كما أنهم توسَّعوا على نحو مفرط في محاكمة المدنيين أمام القضاء العسكري. وأنهى المفكر الكبير تعليقه قائلًا: هذه هي أخطر ما في التعديلات التي تناولت إلغاء الهوية الإسلامية لمصر وعسكرة الدولة.