تسعى مكتبة الملك فهد الوطنية من خلال نظام حماية التراث المخطوط إلى الحفاظ على أحد الروافد المهمة للمعرفة، وهي المخطوطات المتوفرة لدى الجهات الخاصة والحكومية والأفراد بإعطائها رقم تسجيل وشهادة، ما يمكنهم من استعادتها عند الضياع أو السرقة أو التلف. وأصدرت مكتبة الملك فهد الوطنية مؤخراً 255 شهادة تسجيل مخطوطة للأفراد من مجموع المخطوطات والمهتمين بالاقتناء داخل المملكة، ومن الموردين بالتعاون والتنسيق مع إدارات المنافذ الجمركية في المملكة في تطبيق نظام حماية التراث المخطوط في المملكة. وتضم المخطوطات مصاحف وكتباً نسخت منذ قرون عدة، مما يحتفظ به الأفراد داخل المملكة. كما قامت المكتبة بتصوير أكثر من 70 ألف مخطوطة أصلية تعود ملكيتها لجهات رسمية. وتشارك المكتبة بمعرض الرياض الدولي للكتاب 2017، وتحوي مقتنيات نادرة، وإصدارات متنوعة. وذكر إحسان العلي من قسم المخطوطات والوثائق بالمكتبة أن المكتبة تحتوي على ما يقارب 20 ألف مخطوط أصلي ومصور من نوادر الكتب والمخطوطات، يعود أقدمها إلى أوائل القرن الرابع الهجري كالمصحف الشريف، و24 ألف مسكوكة ذهبية وفضية وبرونزية لعصور ما قبل الإسلام، ثم العصور الإسلامية إلى العهد السعودي حيث يتجاوز عدد الصور الموثقة لمراحل تأسيس المملكة 30 ألف صورة تاريخية نادرة، بالإضافة للمخطوطات الأصلية التي وثقت النواحي الاجتماعية والإدارية والاقتصادية في عهد الملك عبدالعزيز. ومن نوادر الكتب، تقتني المكتبة بواكير الطبعات العربية التي نشرت في أوروبا والدول الإسلامية والعربية منذ أواخر القرن 16