هيأت مكتبة الحرم المكي الشريف موقعًا مخصصًا ومجهزًا بأجهزة حديثة بعضها يعمل بالأوزون لحفظ المخطوطات التي يضمها قسم المخطوطات في درجة حرارة ودرجة رطوبة قياسيتين، للحفاظ على المخطوطات. ويكتنز قسم المخطوطات بين جنباته 4966 مخطوطة عربية أصلية، و372 مخطوطة غير عربية فارسية وتركية وأوردية أصلية، و2720 مخطوطة مصورة ورقياً. ووفرت رئاسة الحرمين مؤخرًا جهاز (FUMIGATION CHAMBER BY OZONE) وهو أحدث الأجهزة للتعقيم بالأوزون وللقضاء على الآفات الحشرية والفطريات الموجودة داخل أوراق المخطوطات وأغلفتها الجلدية، والتي يسبب بقاءها وعدم مكافحتها مع مرور الوقت التلف الكامل وانتقال تلك الإصابات إلى جميع المخطوطات. ويوجد في المكتبة عدد من الأجهزة، للتنظيف الجاف من خلال شفط الأتربة والغبار الموجود في المخطوطات، كما يقوم الجهاز بتجفيف المخطوطات بعد معالجتها وإزالة الحموضة عنها، ولضبط رطوبة مكان حفظ المخطوطات، ولتنقية الهواء ليصبح الهواء نقياً صحياً خالياً من أي مؤثرات ضارة، ولقياس درجة الحرارة والرطوبة، للمحافظة على درجة الرطوبة والحرارة بقياساتها اللازمة.