روى الأمين العام لمركز الملك عبدالله بن عبدالعزيز العالمي للحوار بين أتباع الأديان والثقافات فيصل بن عبدالرحمن بن معمر قصة إنشاء المركز من المبادرة إلى التدشين، فبعد أن أطلق خادم الحرمين المبادرة في قمة مكة المكرمة 2005، عقد اللقاء الأول من نوعه من بابا الفاتيكان بينيدكت السادس عشرفي نوفمبر 2007، وجرى بحث إطلاق المبادرة للحوار بين أتباع الأديان والثقافات، وذلك في إطار الجهود العالمية لخادم الحرمين الشريفين لتحقيق هذه المبادرة. وفي يونيو 2008 عقد المؤتمر الإسلامي العالمي للحوار في مكة المكرمة بمشاركة 500 عالم مسلم من مختلف دول العالم، لمناقشة موقف الإسلام، وتحديد مؤشرات وأسس الحوار مع أتباع الأديان والقافات الأخرى، بإشراف رابطة العالم الإسلامي. وبعد شهر واحد عقد المؤتمر العالمي للحوار في مدريد، والذي حضن ما يقارب 300 شخص من أتباع الأديان والثقافات، حيث ركز على القيم الإنسانية التي توحد البشرن وكان من بين الأمور التي دعا إليها المؤتمر في بيانه الختامي «الطلب لعقد جلسة خاصة للأمم المتحدة بشأن مبادرة خادم الحرمين الشريفين»، وفي نوفمبر 2008 باركت الجمعية العمومية للأمم المتحدة توصيات مؤتمر مدريد، بالتأكيد على أن التفاهم المتبادل والحوار بين أتباع الأديان والثقافات يشكلان بعدين مهمين للحوار بين الحضارات ويرسخ مفهوم السلام. ودخلت المبادرة حيز التنفيذ، حين شكل المؤتمر العالمي للحوار في فيينا في يوليو 2009 لجنة لمتابعة المبادرة، وإعداد الأسس اللازمة لتفعيلها ودراسة الآلية التي يمكن بها من خلالها تأسيس مركز عالمي للحوار. ودعم مؤتمر جنيف الذي عقد في سبتمبر 2009 مبادرة خادم الحرمين، وأعلن تأييده إياها، نظرا للحاجة إلى الحوار البناء بين أتباع الأديان والثقافات، إذ أن ذلك سوف يعزز نشر ثقافة الحوار، ومناقشة دور وسائل الإعلام في ذلك، والتأكيد على الدعوة لإقامة المركز. وبعد عامين، وتحديدا في أكتوبر 2011 وقعت ثلاث دول، هي المملكة والنمسا وإسبانيا اتفاقية تأسيس المركز بحضور ومشاركة الفاتيكان، وأسست في أبريل 2012 هيئة تحضيرية لوضع الأطر الأساسية لتنفيذ أهداف اتفاقية تأسيس المركز، وتم تعيين الأمين العام ونائبه المؤقتين، وانتخاب أعضاء مجلس الإدارة والهياكل التنظيمية العامة، إلى أن دخلت هذه الاتفاقية حيز التنفيذ في أكتوبر 2012، ليتم بعقبها بعشرة أيام عقد الاجتماع الأول للمثلي مجلس الأطراف من الدول الثلاث المؤسسة للمركز، وفيه تم تعيين الأمين العام ونائبه وانتخاب أعضاء المجلس من يهودي واحد وثلاثة مسيحيين وثلاثة مسلمين وهندوسي وبوذي، واعتماد الفاتيكان عضوا مؤسسا ومراقبا، وبعد شهر وحد تم تدشين المبنى الرسمي لمركز الملك عبدالله بن عبدالعزيز للحوار بين أتباع الأديان والثقافات في حفل رسمي بقصر هوفبورغ في فيينا.