تنفذ الهيئة العامة للسياحة والآثار برنامجاً للتنقيب والمسح الأثري في كل مناطق المملكة بواسطة فرق علمية سعودية، وبالتعاون مع فرق علمية أجنبية، حيث تعمل قرابة 30 بعثة سعودية دولية مشتركة في المواقع الأثرية، ويتم التعاون مع بعثات أثرية من فرنسا، وإيطاليا، وأمريكا، وبريطانيا، وألمانيا، واليابان، وبلجيكا، بولندا، وتسهم أعمال تلك البعثات في إبراز البعد الحضاري للمملكة من خلال الاكتشافات التي يتم تحقيقها والتي تعلن عنها الهيئة بين الحين والآخر. وتولي الهيئة المسح والتنقيب الأثري أهمية كبيرة، وهو أحد مشاريع مبادرة البعد الحضاري المهمة، خصوصاً أن المملكة تزخر بآلاف المواقع الأثرية التي تشكل كنزاً حضارياً له قيمة تاريخية وحضارية عالية، وشملت أعمال التنقيبات الأثرية برامج متنوعة مع البعثات والمنظمات الدولية، بالإضافة إلى الفرق الأثرية من قطاع الآثار والمتاحف والجامعات السعودية، هذا فضلاً عن تنفيذ برنامج الدراسات الأثرية المتخصصة، وتوقيع مجموعة من الاتفاقيات ومذكرات التعاون المشترك، وإصدار المطبوعات المتخصصة وتطوير أوعية النشر القائمة. وقد كثفت الهيئة في السنوات الأخيرة العمل الميداني الأثري في جميع مناطق المملكة، وذلك لأهميته في اكتشاف الحضارات التي تعاقبت على الجزيرة العربية، وإلقاء المزيد من الضوء على دور الحضارة السعودية وبصمتها على تاريخ البشرية. وتتضمن مشاريع التعاون مع الجهات العلمية الأجنبية، مشروع البعثة السعودية الفرنسية للتنقيب في موقع مدائن صالح في محافظة العلا، ومشروع البعثة السعودية الألمانية للتنقيب في موقع قريه في تيماء بمنطقة تبوك، ومشروع البعثة السعودية الفرنسية لمسح المواقع الأثرية في كلوة بمنطقة تبوك، ومشروع البعثة السعودية الأمريكية للتنقيب في موقع جرش بمنطقة عسير، ومشروع البعثة السعودية الفرنسية لمسح مواقع النقوش العربية القديمة في بئر حمى في منطقة نجران، ومشروع البعثة السعودية البريطانية من جامعة إكستير لمسح المواقع الأثرية في جزر فرسان في منطقة جازان وأملج، ومشروع البعثة السعودية الإيطالية الفرنسية للتنقيب في موقع دومة الجندل بمنطقة الجوف. وتشمل المشاريع مشروع البعثة السعودية الألمانية للتنقيب في موقع الدوسرية بالمنطقة الشرقية، ومشروع البعثة السعودية البريطانية لعمل مسح للمواقع الأثرية المبكرة في الدوادمي وجبة ووادي فاطمة والمندفن والنفود، ومشروع البعثة السعودية البريطانية مع جامعة يورك البريطانية لمسح مواقع ما قبل التاريخ في جزيرة فرسان وسواحل جنوب غرب المملكة، ومشروع البعثة السعودية الألمانية لمسح موقع أعمدة الرجاجيل بمنطقة الجوف، ومشروع البعثة السعودية البلجيكية لمسح مواقع ما قبل التاريخ في محافظة الغاط بمنطقة الرياض، ومشروع البعثة السعودية اليابانية لمسح مواقع العصور الحجرية في الجوف وتبوك، والمشروع السعودي الألماني لمسح الآثار الغارقة في الساحل الغربي من المملكة، والمشروع السعودي البريطاني للتنقيب في قلعة تاروت. وتحظى مواقع التنقيب باهتمام ومتابعة صاحب السمو الملكي الأمير سلطان بن سلمان رئيس الهيئة العامة للسياحة والآثار، حيث يحرص سموه على زيارتها والاطلاع على أعمال التنقيب والالتقاء بأعضاء الفرق ومناقشتهم، كما أن سموه قد وجه بإشراك طلاب الجامعات للاستفادة من خبرات أعضاء فرق التنقيب. ويعود الاهتمام بالمسح الأثري في المملكة إلى العام 1396ه الموافق 1975م، حيث بدأت أعمال المسح ضمن خطط خمسية لعدة مواسم نفذتها فرق سعودية بالتعاون مع بعثات أجنبية، وتم خلالها حصر وتسجيل العديد من المواقع الأثرية، وبعدها تم اختيار بعض المواقع لتنفيذ عمليات تنقيب روعي فيها تنوع الفترات الزمنية بحيث تكون الحفريات شاملة لجميع العصور من فترات ما قبل التاريخ إلى الفترات الإسلامية. وبانضمام قطاع الآثار والمتاحف فعلياً إلى الهيئة العامة للسياحة والآثار بكل ما تتضمنه من نشاطات وأعمال مطلع العام 1429ه، أخذ العمل الأثري يتطور ويتوسع ليأخذ في شكله ومضمونه منحى آخر أكثر شمولية ومنهجية، وتوسعت الهيئة في النشاط الآثاري ليشمل مواقع أكثر، وأظهرت دراسات تلك المواقع نتائج في غاية الأهمية عن تاريخ وحضارة الجزيرة العربية، وتم حصر وتسجيل أكثر من 8000 موقع في جميع مناطق المملكة، تشمل كل المراحل والفترات الحضارية والتاريخية في الجزيرة العربية. وقد لعب المسح والتنقيب الأثري في المملكة دوراً مهماً في التعريف بالبعد الحضاري للمملكة، حيث كشفت المسوحات والتنقيبات العمق التاريخي للمملكة من حيث تعاقب الحضارات التي عاشت وتكونت على أرض الجزيرة العربية، وأظهرت التنقيبات وجود المستوطنات البشرية منذ عصور ما قبل التاريخ، والتعاقب الحضاري في أجزاء كبيرة من المملكة واتصالها بالحضارات المجاورة التي عاصرتها في نفس الفترة، وامتداد طرق التجارة والمدن التي نشأت عليها، والعلاقات التجارية التي ربطت الشرق بالغرب والشمال بالجنوب، وهو ما يؤكد ما تتمتع به المملكة من عمق حضاري.