اعتمد مدير الجامعة الإسلامية بالمدينة المنورة الدكتور حاتم المرزوقي، هيكلاً تنظيمياً جديداً للجامعة، في إطار عملية التطوير الإداري التي تشهدها. وأكد معاليه أن الهيكلة الجديدة سوف تسهم في تعزيز الاستدامة وزيادة كفاءة الموارد، بالإضافة إلى ضبط العمل وتحقيق تكامله وتجانسه وضمان إنجاز الأعمال بسرعة ودقة. مضيفًا أنها تعزِّز الرقابة الفاعلة على الأنشطة التنفيذية لتحقيق أفضل النتائج بما يتوافق مع رؤية المملكة وتحقيق متطلبات الأهداف الإستراتيجية لبرنامج التحول الوطني. وشهدت الهيكلة استحداث ثلاث إدارات جديدة، تتمثّل بمكتب التحول الوطني الذي يتولى الإشراف على مبادرات البرنامج الوطني وإعداد الخطط وقياس الأداء وإدارة المشاريع، وإدارة قطاع الأعمال التي تضم أربع وحدات تختص بالاستثمارات والأوقاف والمؤسسات المانحة وريادة الأعمال؛ وذلك لتعزيز الموارد المالية الذاتية للجامعة والمساهمة في دعم الأنشطة والأبحاث والتطوير ودعم العلاقة بين الجامعة والمجتمع، وإدارة المدينة الجامعية التي تضم إدارات المشاريع والصيانة والخدمات العامة، بالإضافة إلى إدارة الإسكان والأمن والسلامة والتغذية والمطبعة التي جرى نقلها من إدارات أخرى، وكذلك تم استحداث إدارتين جديدتين تعنى بإدارة المرافق الرياضية والسلامة. كما أسند الهيكل التنظيمي الجديد عمادة شؤون الطلاب، وعمادة القبول والتسجيل، وشؤون الخريجين إلى وكالة الجامعة للتعاون الدولي والتبادل المعرفي مع استحداث إدارة جديدة بمسمى إدارة النشاط الرياضي تتبع للوكالة. وإنشاء مركز للإحصاء يكون تحت إشراف وكالة الجامعة للتطوير، وتغيير مسمى إدارة التوظيف إلى إدارة الموارد البشرية.