اعتمد مدير الجامعة الإسلامية بالمدينة المنورة د. حاتم المرزوقي الهيكل التنظيمي الجديد للجامعة باستحداث ثلاثة إدارات جديدة، اثنتان منها ترتبط مباشرة بمدير الجامعة، وهما: مكتب التحول الوطني الذي يتولى الإشراف على مبادرات البرنامج الوطني وإعداد الخطط وقياس الأداء وإدارة المشروعات، وإدارة قطاع الأعمال التي تضم أربع وحدات تختص بالاستثمارات والأوقاف والمؤسسات المانحة وريادة الأعمال وذلك لتعزيز الموارد المالية الذاتية للجامعة والمساهمة في دعم الأنشطة والأبحاث والتطوير ودعم العلاقة بين الجامعة والمجتمع. وشملت الهيكلة استحداث إدارة المدينة الجامعية تضم إدارات المشروعات والصيانة والخدمات العامة بالإضافة إلى إدارة الإسكان والأمن والسلامة والتغذية والمطبعة التي جرى نقلها من إدارات أخرى، وكذلك تم استحداث إدارتين جديدتين تعنى بإدارة المرافق الرياضية والسلامة. كما أسند الهيكل التنظيمي الجديد عمادة شؤون الطلاب، وعمادة القبول والتسجيل، وشؤون الخريجين إلى وكالة الجامعة للتعاون الدولي والتبادل المعرفي مع استحداث إدارة جديدة بمسمى إدارة النشاط الرياضي تتبع للوكالة، وكذلك إنشاء مركز للإحصاء يكون تحت إشراف وكالة الجامعة للتطوير، وتغيير مسمى إدارة التوظيف إلى إدارة الموارد البشرية.