صدر أول نظام للجمارك في السعودية بموجب الأمر السامي الكريم رقم 326 وتاريخ 3/ 2/ 1349، إذ كانت إدارة الجمارك عند صدور هذا النظام عبارة عن مجموعة من أمانات الجمارك موزعة على مناطق المملكة، بحيث تكون كل أمانة مسؤولة عن مجموعة من النقاط والمراكز الجمركية في محيطها، وكل أمانة من تلك الأمانات ترتبط مباشرةً بوزارة المالية والاقتصاد الوطني. وفي عام 1372، تم استحداث المديرية العامة للجمارك وإلغاء ديوان الجمارك بوزارة المالية والاقتصاد الوطني، وفي العام نفسه صدرت الموافقة الملكية على نظام الجمارك برقم 425 وتاريخ 5/ 3/ 1372 وأنيط بمعالي وزير المالية والاقتصاد الوطني وضع لائحة تنفيذية للنظام. و في تاريخ 1/ 8/ 1391هـ أطلق عليها اسم «مصلحة الجمارك العامة» وفي عام 1405هـ تمت مراجعة الهيكل التنظيمي الرئيسي لمصلحة الجمارك العامة وإعداد هياكل تفصيلية للوحدات الإدارية، ثم صدر نظام الجمارك الموحد وذلك بالمرسوم الملكي في عام 1423هـ وتسعى الجمارك السعودية على المحافظة على الثوابت الدينية من خلال منع دخول جميع ما يتنافى مع الدين والعقيدة الإسلامية من كتب ومطبوعات وكتب السحر والشعوذة على سبيل المثال، إضافة إلى: ــ حماية الوطن والمجتمع من المخاطر التي تهدد الصحة والأمن من خلال منع دخول الممنوعات؛ كالمخدرات بكافة أنواعها والأسلحة والمتفجرات على سبيل المثال. ــ السعي لتحقيق معايير ومتطلبات المسؤولية المجتمعية من خلال وضع إطار عمل واضح يحدد المسؤوليات والمهام المناطة بجميع الإدارات والمنافذ في الجمارك السعودية. ــ حماية الاقتصاد الوطني من التهديدات المتعلقة بالإغراق. ــ تقديم إحصاءات دقيقة عن التجارة الخارجية للمملكة باعتبارها المصدر الوحيد لهذه الإحصاءات التي يبنى عليها العديد من القرارات الاقتصادية والسياسية.