يبدو أن الجدل حول اتفاقية ترسيم الحدود البحرية بين مصر والسعودية لم ينتهِ بعد، فقد أوقفت محكمة القاهرة للأمور المستعجلة الخميس 29 سبتمبر/أيلول 2016 الحكم الصادر من مجلس الدولة بتبعية جزيرتي تيران وصنافير لمصر، واعتبار أن الجزيرتين تعود ملكيتهما للمملكة العربية السعودية. وقبلت المحكمة الاستشكالين المطالبين بوقف تنفيذ حكم بطلان اتفاقية تعيين الحدود البحرية بين مصر والسعودية، وتبعية جزيرتي "تيران وصنافير" للمملكة العربية السعودية، بحسب ما نشر موقع . و طالب المحامي أشرف فرحات في الاستشكال الذي تقدم به بوقف حكم إلغاء اتفاقية تعيين الحدود، مؤكدًا أن الاتفاقية من الأمور السيادية التي تخرج عن ولاية القضاء الإداري، وحمل الاستشكال رقم 1863 لسنة 2016. وقال مقيم الدعوى في الاستشكال المقدم، إن الحكم يعد منعدماً لكون مجلس الدولة والقضاء الإداري يمتنع عليه التصدي لأي عمل من أعمال السيادة طبقا لنص المادة 111 من قانون مجلس الدولة، إذ إن الحكم الصادر يشمله البطلان. وأشار الاستشكال إلى أن الدولة تقدمت بمستندات تعد قاطعة في هذا الأمر، ومخاطبات ومراسلات رسمية، تؤكد صحة الاتفاقية، وليس بيعا أو تنازلا عن شبر من الأراضي المصرية. وكانت محكمة القضاء الإداري المصرية قد أوقفت تنفيذ اتفاقية ترسيم الحدود البحرية التي وقعتها القاهرة مع الرياض في أبريل/ نسيان الماضي أثناء زيارة الملك سلمان بن عبدالعزيز إلى مصر. وأثارت اتفاقية ترسيم الحدود البحرية جدلاً كبيراً في مصر بسبب نقل تبعية "تيران" و " صنافير" للسعودية والتي بسبب تظاهرات الآلاف من المصريين في "جمعة الأرض" اعتراضاً على هذا الاتفاق. كما اعتلقت الأجهزة الأمنية المصرية عدد من الناشطين السياسين وأصدرت ضدهم أحكاماً قضائية بسبب خرقهم قانون التظاهر. وتعد هذه محكمة الأمور المستعجلة غير مختصة بوقف أحكام القضاء الإداري وفقا للدستور إلا أن الحكومة تعول على حكم تلك المحكمة في استكمال إجراءات اتفاقية ترسيم الحدود مع السعودية بعرضها على البرلمان وإقرارها قبل استئناف المحكمة المختصة نظر الطعن في حكم القضاء الإداري. وتعتبر المحكمة مشهورة بالأحكام السياسية، فإذا سبق وأصدرت أحكام على شاكلة اعتبار جماعة الإخوان جماعة إرهابية واعتبار حركة حماس إرهابية.