ما زالت قضية الشيخ عمر الأطرش، الموقوف في وزارة الدفاع اللبنانية تتفاعل في لبنان، خاصة بعد اعترافه ـ حسب بيان مديرية التوجيه في الجيش اللبناني ـ بمشاركته في "أعمال إرهابية وارتباطه بإرهابيين داخل سورية وتأليفه خلية إرهابية تضم لبنانيين وسوريين وفلسطينيين". من جانبه، وجه د. طارق شندب، محامي الموقوف اتهاما صريحا لحزب الله بالوقوف وراء القضية، وقال "بات معلوما للجميع أن الشيخ عمر الأطرش مؤيد للمعارضة السورية، وناشط في مجال دعمها. وهذا ما جعله عدوا مزعجا لحزب الله، الذي حاول خطفه قبل 5 أيام من اعتقاله، إذ أوقفوا سيارته على طريق عرسال، وعندما فوجئوا أن من يقودها هو والده، هددوه وأكدوا له أنهم سيعتقلون ابنه. وعندما فشل مخططهم قاموا باعتقاله بواسطة الأجهزة الأمنية بعد أن فبركوا له هذه الاتهامات". وكان مفوض الحكومة لدى المحكمة العسكرية القاضي صقر صقر، قد ادعى على اﻷطرش و12 آخرين من جنسيات لبنانية وسورية بجرم الانتماء إلى تنظيم القاعدة وكتائب عبدالله عزام. بدوره، أكد الجيش اللبناني بعد التحقيق مع الموقوف أنه اعترف بارتباطه بمطلوبين فارين ينتمون إلى ألوية عبدالله عزام وداعش وجبهة النصرة. كما اعترف حسب قيادة الجيش بنقل سيارات مفخخة إلى بيروت وأحزمة ناسفة ورمانات يدوية وذخائر مختلفة، إضافة إلى نقله في سيارة "جيب شيروكي" انتحاريين مزودين بأحزمة ناسفة إلى داخل لبنان، وتوصيل مقاتلين عرب إلى لبنان وتسليمهم إلى جبهة النصرة، إضافة إلى إحضاره 4 صواريخ من سورية أطلقت بتاريخ 22/ 8/ 2013 من منطقة الحوش باتجاه الأراضي الفلسطينية المحتلة. إلا أن شندب قال، إن كل تلك الاعترافات باطلة؛ لأنه أدلى بها تحت التعذيب. وأضاف "تعرض موكلي للتعذيب ما يبطل كل هذه الاعترافات. لذلك قدمت دفعا شكليا أمام القاضي العسكري لإبطال كل التحقيقات التي تمت معه؛ لأنها مخالفة للأصول. كما أن المخابرات ليست ضابطة عدلية مخولة بالتحقيق مع المتهمين، خاصة أنها ارتكبت مخالفات فاضحة تتعارض مع أصول المحاكمات الجزائية". وأضاف أن موكله تعرض للضرب والتعذيب للتوقيع على أوراق واعترافات وهو معصوب العينين. كما رفضوا تعيين لجنة من الأطباء الشرعيين لفحص الموقوف. وتابع قائلا "لم يسمحوا لعائلته أو لي بمقابلته، وهذه مخالفة فاضحة ترتكبها وزارة الدفاع، مما يجعلنا نطرح الكثير من علامات الاستفهام، خاصة بعد تسريب التحقيقات مع الشيخ إلى وسائل الإعلام، في حين أن التحقيقات يجب أن تحاط بالسرية.