تعتبر المساجد التاريخية والأثرية بالمدينة المنورة جزءًا هامًا من الحضارة الإسلامية، وورد أن النبي صلى الله عليه وسلم وصحابته رضوان الله عليهم قد صلوا فيها أو قد أقاموا أو مروا أو كانت شاهدة على حادثة معينة في زمن النبوة، وهذا ما أكسبها أهمية كبرى في نفوس المسلمين فضلًا عن كونها معلمًا إسلاميًا فريدًا ومن أشهر تلك المساجد. مسجد قباء يقع مسجد قباء يقع في الجنوب الغـربي من المـدينة النبوية، والذي كـان على شكل مـربع طول ضلعـه 40 متـرًا وفيـه قبـة يقال: إنها مبرك ناقة رسول الله صلى الله عليه وسلم، ومن آثار المسجد القديم حجر منقـوش بالخط الكوفي القديم يبين تاريخ عمـارة المسجد من قبل أحد الأشراف عام 435 هـ، والقسم المسقوف منه على هيئة قباب، وكان به سـتة أروقـة.. يبعد عن المسجد النبوي الشريف مقدار نصف ساعة بالمشـي المعتدل. وقد شارك الرسول صلى الله عليه وسلم أصحابه في بنائه بنفسه ثم جـدده الخليفة الثالث عثمـان بن عفـان رضي الله عنه وزاد فيـه ولمـا اعتـراه الخـراب جـدده من بعـده الخليـفة الـراشد عمر بن عبد العـزيـز عندما كـان أميرًا على المدينـة المنـورة. مسجد الجمعة مسجد الجمعة ويسمى أيضًا مسجد الوادي، كما يطلق عليه اسم مسجد عاتكة، ومسجد القبيب نسبة إلى المحل الذي بني فيه، وسبب تسميته أن رسول الله عندما وصل إلى قباء مهاجرًا أقام فيها عدة أيام ثم خرج منها ضحى يوم الجمعة متوجهًا إلى المدينة فأدركته صلاة الجمعة في هذا المكان، وكان يسكنه بنو سالم بن عوف من الأنصار، فنزل فيه وصلى الجمعة بمن معه، فكانت أول جمعة تقام بعد هجرته صلى الله عليه وسلم إلى المدينة.. عندما هاجر الرسول المصطفى صلى الله عليه وسلم من مكة المكرمة إلى المدينة المنـورة التي وصل إليهـا يـوم الاثنين 12 من ربيـع الأول من العـام الهجري الأول أقام علـيه الصـلاة والسـلام في قباء أربعـة أيـام حتى صباح يوم الجمعة الموافق 16 من شهر ربيع أول (من العام نفسه)، ثم خرج صلى الله عليه وسلم متوجهًا إلى المدينة المنورة، (وعلى مقربة من محـل إقامتـه بقباء) أدركته صلاة الجمعـة فصلاها في بطن (وادي الرانوناء). وحدد المكان الذي صلى فيه رسول الله صلى الله عليه وسلم الجمعة وسمي بعد ذلك (بمسجد الجمعة).. والمسجد تم بناؤه من الحجر الذي تهدم عدة مرات، فأعيد بناؤه وتجديده في كل مرة يتهدم بها جدد في عهد عمر بن عبد العزيز مرة ثانية وفي العصر العباسي ما بين 155 ـ 159هـ. وفي نهاية القرن 9هـ خرب سقفه فجدده شمس الدين قاوان، بالإضافة إلى تجديده مرة أخرى في عهد في عهد الدولة العثمانية أمر السلطان بيازيد وظل على حاله إلى منتصف القرن الرابع عشر الهجري، حيث جدده السيد حسن الشربتلي مسجد ذي الحليفة ويعرف بمسجد الشجرة- مسجد الميقات- وهي شجرة كان النبي صلى الله عليه وسلم ينزل تحتها بذي الحليفة، كما في صحيح مسلم، ويعرف أيضًا بمسجد ذي الحليفة، وهو ميقات أهل المدينة المنورة ومن يمر بها. وفي صحيح مسلم عن عمر رضي الله عنه قال: بات رسول الله صلى الله عليه وسلم بذي الحليفة وصلى في مسجدها).. وفي رواية له – كان النبي صلى الله عليه وسلم يركع بذي الحليفة ركعتين ثم استوت به الناقة قائمة وأهل بهذه الكلمات: لبيك اللهم لبيك، لبيك لا شريك لك لبيك، إن الحمد والنعمة لك والملك لا شريك لك. مسجد القبلتين يقع مسجد القبلتين على بعد خمسة كيلو مترات من المسجد النبوي بُني في عهد رسول الله صلى الله عليه وسلم في العام الثاني للهجرة النبوية المباركة وكانت مواد البناء آنذاك هي اللبن والسعف وجذوع النخيل، ولهذا المسجد أهمية خاصة في التاريخ الإسلامي.. ففيه نزل الوحي على رسول الله صلى الله عليه وسلم بالتحول إلى قبلة الكعبة المشرفة بعد أن كانت القبلة هي بيت المقدس كان ذلك يوم 15 شعبان من العام الثاني للهجرة الموافق 11 شباط / فبراير 642 م وكان رسول الله صلى الله عليه وسلم يزور أم بشر من بني سلمة معزيًا فصنعت له طعامًا وعند صلاة الظهر نهض رسول الله صلى الله عليه وسلم يصلي وبعد أن أتم ركعتين نزل عليه الوحي بالتحول إلى الكعبة المشرفة في الآية الكريمة، ومنذ ذلك الحين عرف المسجد باسم (مسجد القبلتين) لأن رسول الله صلى الله عليه وسلم صلى فيه شطر صلاته قبل المسجد الأقصى والشطر الآخر قبل المسجد الحرام. مسجد العنبرية يقـع مسجد العنـبرية غرب الحـرم النبـوي الشريف بالقـرب من محطة سكـة الحـديد الحجاز التي كانت في العهد العثماني، ويبعد عنه بحوالي 500 متر بواجهـة شماليـة، محـاط بحديقة دائرية تـطفي عليه روعة وجمالًا لتظـهر مبانيه الأثرية، التي شيـدت في عـهد الدولـة العثمانية بالحجر المنحوت بروعة ودقـة الفن المعمـاري، وقـد اهتمت به حكومة خادم الحرمين الشريفين بفـرشه وصيانـته والاهتمام به ليبقى شـامخًا ومحاكيًا للمسـاجد الأثريـة بالمدينـة المنـورة التي انطلـق منها الإسلام لشتى بقاع المعمورة.