هناك أمور سببت للجنة الحكام الرئيسة لكرة القدم صداعا وهي اللجان الفرعية، حيث إن هناك بعض اللجان الفرعية لم تقم بواجباتها على أكمل وجه وظلت سببا رئيسا في وجود المشاكل وهو ما ظهر في الإعلام خلال الفترة الماضية. ويأتي أبرز هذه اللجان التي تعتبر من أكثر اللجان صاحبتها مشاكل واختلافات داخلية لجنة الجوف، حيث تعاقب على رئاستها 3 أشخاص هم: سلطان العطية وعبدالهادي المرشد ومحمد الفقيهي, فيما تأتي لجنة الشرقية التي يرأسها الدولي السابق عبدالعزيز الكثيري ضمن اللجان التي صاحبها بعض المشاكل والاختلافات وبرزت مشكلة الحكم الدولي محمد العبكري، حيث تم اتهامه بعدم حضور التمارين وتغيبه لمدة شهر. وتبين مؤخراً ان الحكم كانت لديه عدة مشاركات خارجية دون علم اللجنة الفرعية التي اتهمت اللجنة الرئيسة بعدم إبلاغها بتكليفات الحكام الخارجية, فيما تأتي لجنة الحكام الفرعية بمنطقة القصيم التي يرأسها الحكم السابق عبدالرحمن التويجري، حيث تم اتهامه بالوقوف ضد الحكم وظلت القضية بين شد وجذب حتى يومنا هذا دون حل أو تدخل من اللجنة.