شكك وزير البنى التحتية الإسرائيلي سلفان شالوم بمصداقية الاتفاق الأميركي – الروسي حول الأسلحة الكيماوية السورية، وبتطبيقه، معلناً أن بلاده ستتابع تنفيذ الاتفاق، باعتبار أن اتفاقات عدة في الماضي لم تفض إلى أي نتيجة، سوى تمكين طرف معين من كسب الوقت وتجنب عمل عسكري. وقال شالوم إن "السلاح الكيماوي السوري استخدم ما بين 12 و14 مرة"، وجاءت تصريحات شالوم ضمن حملة واسعة للقيادة الإسرائيلية، أعلنت فيها أن "أي خطر ستشكله الأسلحة الكيماوية على إسرائيل، سيكون لها الحق في الدفاع عن أمنها بنفسها، ومن دون انتظار الآخرين". وأضاف شالوم إن "إسرائيل ستتابع تنفيذ الاتفاق للتأكد من عدم نقل الأسلحة الكيماوية إلى أيدي جهات غير مسؤولة، الأمر الذي من شأنه تعريض أمن إسرائيل ومواطنيها للخطر". ونشرت إسرائيل خريطة، قالت إنها لـ"السلاح الكيماوي السوري"، وبحسب معهد "مواجهة الإرهاب" فإن  "سورية تحتفظ بثلاثة أنواع من السلاح الكيماوي، هي: غاز الخردل، غاز السرين، وغاز الأعصاب من نوع "في - أكس" (vx)". ويقول التقرير الإسرائيلي إن "النظام السوري باشر في تخزين السلاح الكيماوي في مطلع سنوات الثمانين، ومن البداية نشرها على عدد كبير من المواقع على كل مساحة سورية، وبلغ عددها حتى شهر حزيران/يونيو الفائت 50 موقعاً مختلفاً". وأشار إلى أنه "يتم إنتاج غاز السرين وفي – أكس، في خمسة مواقع في مدن: الصفيرة، حمص، اللاذقية، حماة وتدمر، وبعد إنتاجه يتم تخزينه في الضمير وخان أبو شماط ومركز الدراسات في دمشق". ولفت التقرير إلى أن "مركز الدراسات قرب دمشق يحتوي أيضاً على أسلحة بيولوجية تنشر الجراثيم الفتاكة، والجيش السوري يحتفظ بوحدات عسكرية من سلاح المدفعية وسلاح الجو، جاهزة لإطلاق الصواريخ والقذائف التي تحتوي على الأسلحة الكيماوية". ويقول معد التقرير د.ايلي كرمون، إن "العالم الغربي كان شريكاً في تأسيس صناعة السلاح الكيماوي السوري، ففي سنوات الثمانين، قدمت دول مثل فرنسا وبريطانيا وروسيا وسويسرا وحتى الولايات المتحدة الأميركية، مواد خام وأجهزة وآليات كانت تشكل البنى الأساسية لصناعة السلاح الكيماوي السوري، وقد رأى الغرب كيف تتطور هذه الصناعة في سورية ولكنه غض الطرف عنها". ويؤكد كرمون أن "الأسد هو الذي استخدم الكيماوي لدوافع عدة، لأن تدفق المقاتلين المعروفين بشراستهم خلال نشاطهم في العراق وأفغانستان، كان كبيراً جداً، وبحسب معلومات وصلت إلى المخابرات السورية فإنهم خططوا لاغتيال الأسد وعدد من قادة النظام، بهدف حسم المعركة معه. لذلك قرر الأسد استخدام كل الوسائل المتاحة بين يديه". ويحذر التقرير الإسرائيلي من "وقوع الأسلحة الكيماوية بأيدي التنظيمات المسلحة، من تنظيم القاعد وتنظيمات فلسطينية في قطاع غزة أو سيناء المصرية"، مؤكداً أنها "قد تستخدم في نهاية المطاف  ضد إسرائيل، والأسلحة باتت تحت طائلة حزب الله اللبناني".