عانت جامعة القاهرة كثيرا بسبب اعتصام جماعة الإخوان المسلمين ومؤيدي الرئيس المعزول محمد مرسي في ميدان النهضة أمام الجامعة لفترة تجازت 40 يوما، حيث أدى استمرار الاعتصام إلى تعطل العمل بالجامعة، وعدم انتظام الموظفين يوميا، وتأخر اعلان نتائج الامتحانات . فقد رفضت عدد من الحركات والاتحادات الطلابية حصار جامعة القاهرة من قبل معتصمي ميدان «نهضة مصر» ، بسبب تأثر الطلاب بالحصار وتأخر ظهور نتائج الامتحانات في بعض الكليات فقد واجهت بعض الكليات مثل التجارة والحقوق مشكلات كبيرة بسبب تعطل إعلان النتائج لصعوبة تردد أعضاء هيئة التدريس والقائمين بأعمال الكنترولات على الجامعة بسبب الاعتصام مؤكدين أن ما حدث هو إرهاب للشعب فقد أكد طالب كلية الحقوق "محمود سعيد" أن ما قامت به الجماعة هو إرهابا لجميع القائمين على جامعة القاهرة وطلابها ويضر بمصير العملية التعليمية في مصر. أما الطالب "شاكر عبد العظيم" من كلية التجارة فقد أكد أن الاعتصام شوّه منظر الجامعة وجعله غير حضاري، مشيرا إلى أنه تم تدمير بعض المرافق الجامعة فقد قاموا بكسر مواسير المياه ودمروا الكثير من النباتات نادرة المتواجدة بحديقة الأورمان المواجهة للجامعة. كما أشار الطالب "عمر أشرف" إلى أن الإخوان اختاروا ميدان النهضة مقراً لاعتصامهم لأنه من أكثر الأماكن حيوية ويشل حركة المرور كما يحاصر أعرق الجامعات العربية غير مكترثين بما يقومون به من تعطيل مصير جيل بأكمله. أما ثابت عبد العزيز الطالب بكلية الآداب فقد أكد أن ما حدث خلال أيام الاعتصام لابد أن تحاسب عليه جماعة الإخوان المسلمين ومؤدي المعزول فتعطيل العمل بالجامعة وعدم انتظام الموظفين الذي أدى إلى تأخر العديد من مصالح الطلاب ليس بالشيء الهين ولابد من محاسبة كل من شارك في هذه الأزمة التي تعرض لها طلاب الجامعة. ومن جانبه أشار الدكتور سعيد ضو، استاذ المحاسبة وعميد كلية التجارة جامعة القاهرة ، إلى أن اعتصام أنصار جماعة الأخوان في ميدان نهضة مصر تسبب في العديد من المشكلات داخل الجامعة ، لافتا إلى أن كلية التجارة أضطرت لتاخير اعلان النتائج أكثر من مرة ، موضحا انه وحتى اليوم لم تظهر الا نتائج الفرقة الرابعة والثالثة فقط . أما معامل تنسيق القبول بالجامعات فقد شهدت إقبالا ضعيفا من قبل الطلاب في أيام التنسيق مقارنة بالأعداد التي توجهت لتسجيل رغباتها وكان ذلك بسبب معاناتهم في دخول محيط الجامعة بسبب تشديد لجان التفتيش الخاصة بمعتصمى ميدان النهضة. فقد أبدى الطلاب استياء شديد من تفتيش المعتصمين لطلاب الثانوية العامة القادمين إلى مكتب التنسيق، حيث فتشهم أفراد الإخوان وقاموا بالاطلاع على هويتهم أثناء ذهابهم لمعامل التنسيق بكلية الهندسة التي حاصرها أعضاء الجماعة من جميع الاتجاهات. وهنا أبدى الطالب "أحمد إبراهيم" استياءه قائلا: جئنا لتسجيل رغباتنا في الجامعة لنجد تعديا واضحا على حريتنا الشخصية من قبل جماعة الإخوان، كما أنهم يعيقون حركتنا وسيكونون سبب رئيسا في تعطيل مصالحنا. أما "معاذ عبد الله" فقال: هل من المعقول أن تقوم فئة من الشعب بتعطيل مصالح الناس؟ هل من المعقول أن تكون بداية دخولنا إلى الحياة الجامعية مليئة بالمشاكل؟ أعتقد أن ما قام به مؤيدو مرسي سيبقى في ذهن جميع الطلاب الجدد الذين لم يجدوا منهم سوى إعاقة مستقبلنا وزيادة معاناتنا.