السجناء يتعرضون لأنواع قاسية من التعذيب يصل بعضها إلى الحرق والإعدامات الصورية. وأشار التقرير إلى أن الميليشيات حولت مباني حكومية وأهلية عدة إلى معتقلات، فقد حولت نحو 227 مبنى حكومياً و27 مؤسسة طبية و49 جامعة و99 مدرسة بجانب 25 نادياً رياضياً و47 مبنى قضائياً و10 منازل، إلى سجون سرية. وتضمن تقرير اللجنة نحو 16804 حالات اعتقال تعسفي وتعذيب وإخفاء قسري ارتكبتها ميليشيا الحوثي وقوات المخلوع صالح بحق مدنيين، فيما أثبتت منظمات دولية عدة، منها منظمة العفو الدولية، في تقاريرها، حالات الاعتقال التعسفي والإخفاء القسري التي مارستها الميليشيات بحق اليمنيين. ونوهت اللجنة بأنه وفق الزيارات الميدانية التي قامت بها فرق اللجنة الوطنية لحقوق الإنسان في اليمن لبعض السجناء الذين أطلق سراحهم بعد اعتقالهم تعسفياً «فإنهم يعانون أحوالاً نفسية وصحية سيئة بسبب قسوة التعذيب الذي تعرضوا له وكانوا في أحيان كثيرة على مشارف الموت». وقال السجناء المفرج عنهم لفرق اللجنة، إن الميليشيات أجبرتهم على الاعتراف بتهم وجرائم لم يقوموا بارتكابها. وأخضعت ميليشيات الحوثي معتقلاتها السرية لحراسات مشددة من دون السماح لأي شخص بالدخول إليها عدا القائمين على السجون بسبب وضعها كبـار المعتقلين والمختطفيـن قسرياً، بحسب تصنيف مسلحي ميليشيا الحوثي وصالح فـي السجون. وعمدت الميليشيات إلى إخفاء هويات المشرفين على السجون والمعتقلات التابعة لهم، إذ تتعامل الميليشيات مع مشرفي السجون بالألقاب والكنى بهدف منع التعرف عليهم مستقبلاً. وأجبر الحوثي 99% من المعتقلين الذين تم الإفراج عنهم خلال فترة التقرير على كتابة تعهدات خطية والتوقيع على أوراق تقضي بمنع المعتقل من مزاولة أي نشاط سياسي أو حقوقي أو عالمي أو اجتماعي، أو أي نشاط يناهض فكرة التوسع المسلح للميليشيات، وأنه حال مخالفة هذه التعهدات فإن الميليشيات لها الحق في إهدار دم المعتقل أو قتل أسرته أو مصادرة أمواله وممتلكاته. وتختطف الميليشيات الأطفال من المدارس وتزج بهم في مسرح العمليات العسكرية.