اكتفى دفاع الرئيس المعزول محمد مرسي و26 آخرين من قيادات جماعة الإخوان، بتقديم مذكرات الطعن على الأحكام الصادرة ضد موكليهم بالإعدام شنقًا والسجن المؤبد في قضية اقتحام السجون، المتهمين فيها باختطاف وقتل ضباط وأفراد الشرطة وإتلاف المنشآت العامة إبان ثورة 25 يناير. وتنازل الدفاع عن المرافعة الشفوية، وهو ما قررت معه المحكمة رفع الجلسة للقرار. ولم يترافع أمام المحكمة سوى محامي المتهم عبدالمنعم توغيان، الصادر ضده حكم بالسجن المؤبد، والذي استنكر حكم الجنايات باعتباره لم يقدم دليلاً ماديًا واحدًا على اشتراك موكله في جرائم الإتفاق والاشتراك والمساعدة على اقتحام السجون، مشيرًا إلى أن موكله لا ينتمي إلى أي تنظيم سياسي، وأقر بذلك في التحقيقات، وكل ما يربطه بالقضية أنه كان محبوسًا ضمن قيادات جماعة الإخوان في سجن وادي النطرون، ولأن القبض عليه وإيداعه السجن جاء دون سند قانوني، فلا يمكن أن يعاقب على هروبه. واستند دفاع المتهمين في أسباب الطعن على حكم الجنايات؛ وفقًا لما ورد بمذكرات الطعن، إلى الخطأ في تطبيق القانون والإسناد والقصور في التسيب والفساد في الاستدلال، ومخالفة الثابت في الأوراق، والإخلال بحق الدفاع بالتفات محكمة الجنايات عن بعض طلباته وعدم الرد على ذلك في أسباب الحكم. وكانت نيابة النقض، قدمت تقريرها الاستشاري للمحكمة في أولى جلسات نظر الطعن، وأوصت فيه بقبول الطعن من حيث الشكل لصحة الإجراءات القانونية المتبعة في تقديمه، وفي الموضوع بالغاء أحكام الإعدام والسجن وإعادة محاكمة المتهمين الطاعنين من جديد. وشمل الطعن على الحكم، 27 متهمًا صادر ضدهم أحكامًا حضورية من محكمة جنايات القاهرة برئاسة المستشار شعبان الشامي، في 16 يونيو 2015، عندما عاقبت محمد مرسي رئيس الجمهورية الأسبق، ومحمد بديع مرشد جماعة الإخوان، و4 آخرين من قيادات الجماعة، وأعضاء مكتب الإرشاد، بالإعدام شنقًا. وعاقبت 21 متهمًا من قيادات الجماعة بالسجن المؤبد، لإدانتهم بإقتحام السجون المصرية واختطاف وقتل ضباط وأفراد الشرطة، وإتلاف المنشآت العامة إبان ثورة 25 يناير. وتضمن الحكم، 93 متهمًا هاربًا من التنظيم الدولي لجماعة الإخوان، وعناصر من حركة حماس الفلسطينية، محكوم عليهم (غيابيًا) بالإعدام شنقًا، بالإضافة إلى 8 متهمين آخرين هاربين من تنظيم حزب الله اللبناني وحركة حماس، محكوم عليهم غيابيًا بالحبس لمدة عامين مع الشغل، جميعهم لم يشملهم الطعن على الحكم. كانت النيابة العامة قد أسندت للمتهمين في القضية، اتهامات القتل العمد، واقتحام سجون أبو زعبل والمرج ووادي النطرون إبان ثورة 25 يناير؛ والتي أسفرت عن مقتل مجندين من قوة تأمين سجن أبوزعبل، فضلا عن مقتل 30 مسجونًا مجهولي الهوية لم يتم التوصل للأوراق والسجلات المثبت فيها بياناتهم، كما أسفرت الأحداث أيضًا عن مقتل 14 مسجونًا بسجن وادي النطرون، وأحد المسجونين المحكوم عليهم بسجن المرج. ووجهت النيابة للمتهمين أيضًا، ارتكاب أفعالا تؤدي للمساس باستقلال البلاد وسلامة أراضيها، بأن حملوا الأسلحة الثقيلة لمقاومة النظام المصري، وأطلقوا قذائف صاروخية من طراز آر بي جي، وأعيرة نارية كثيفة في جميع المناطق الحدودية من الجهة الشرقية مع قطاع غزة، وفجروا الأكمنة الحدودية وأحد خطوط الغاز، وتسللوا عبر الأنفاق غير الشرعية. وشملت الإتهامات إتلاف المنشآت العامة، والتخريب، والسرقة.