رغم أن ميزانية جامعة الحدود الشمالية زادت خلال السنوات الخمس الماضية إلى الضعف، حتى وصلت إلى أكثر من 4 مليارات ريال، من شأنها أن تفي بخططها التشغيلية ومشاريعها التنموية، إلا أن العمل القائم بها مازال يواجه بانتقادات واسعة لإدارة الجامعة حول الميزانيات الهائلة التي تم صرفها، ولم تسهم في توفير مدينة جامعية متكاملة كبقية الجامعات الأخرى. وتضم الجامعة التي أنشئت قبل 9 سنوات 9 كليات في عرعر، و4 في رفحاء و2 في طريف، إضافة إلى بعض المرافق التي تشمل مركزا صحيا، ومركزا للنشر العلمي، ووحدة العلوم والتقنية. ويقع المبنى الجامعي بعرعر في مبنيين منفصلين، الأول للسنة التحضيرية وإدارة الجامعة، والآخر للكليات الجامعية، ويبعد نحو 20 كيلومترا عن المدينة. انتقادات للجامعة واجهت الجامعة خلال السنوات الماضية انتقادات وعدم رضا من الإعلاميين والطلاب وبعض الأهالي، الذين أكدوا ضعف إمكاناتها التعليمية، وصعوبة شروطها لقبول الطلاب، وعدم وجود كليات حيوية في فرعيها برفحاء وطريف، تخدم احتياجات سوق العمل، وتحد من التسرب الوظيفي لمنسوبيها، إضافة إلى عدم اختيار عناصر مؤهلة في هيئة التدريس، حيث أقرت الجامعة في وقت سابق بوجود محاضر في قسم اللغة الإنجليزية بالجامعة، يحمل إقامة بمهنة "كهربائي مباني"، مبينة وقتها أنه ليس على كفالتها، وإنما على كفالة الشركة المشغلة للسنة التحضيرية. المركزية المفرطة لم تقتصر الانتقادات على الإعلاميين والطلاب والأهالي، وإنما امتدت إلى بعض أعضاء هيئة التدريس، حيث سجل عضو هيئة التدريس بكلية الطب الدكتور عواد الذايدي عبر صفحته بموقع "تويتر" في وقت سابق امتعاضه الشديد من مركزية الجامعة، قائلا "المركزية المفرطة وتكليف من لا يستحق في مراكز قيادية سبب قبوعها في قاع الترتيب". ثم أعقب هذه التغريدة بأخرى قال فيها "عقود استثمارية بالملايين لأشخاص جامعتهم الأم لم تثق بقدراتهم وبعضهم لم يرأس قسما في جامعته". تأخر عن الركب يرى بعض الأهالي أن جامعة الحدود الشمالية تأخرت كثيرا عن اللحاق بركب الجامعات الأخرى، مستدلين بذلك على جامعات أخرى أنشئت بتكلفة متقاربة معها، أثناء زيارات خادم الحرمين الشريفين الملك عبدالله بن عبدالعزيز- يرحمه الله- لعرعر وجازان، حيث تحتوي المدينة الجامعية لجامعة جازان على 26 كلية مختلفة الأقسام، ومجمع كليات للطلاب ومجمع آخر للطالبات، إضافة إلى مدينة طبية، وسكن لأعضاء هيئة التدريس، وسكن للطلاب، وآخر للطلاب المتزوجين، ومنطقة ملاعب وقاعة محاضرات، ومعرض ومركز طلابي، ومجمع خدمات، وذلك على مساحة 9 ملايين متر مربع، فضلا عما حققته هذه الجامعة من منجزات تعليمية واستقطابها للكفاءات الأكاديمية. "الوطن" حاولت الحصول على رأي الجامعة حول الموضوع من خلال الاتصال على مدير إدارة العلاقات العامة، المتحدث الرسمي للجامعة الدكتور مفضي الشراري، إلا أنه لم يرد على الاستفسارات المرسلة من الصحيفة منذ أكثر من أربعة أشهر، رغم تكرار إرسالها. واكتفى الشراري بالقول إن الاستفسارات حولت لجهات الاختصاص في الجامعة للرد عليها.