اعتمدت لجنة المسابقات باتحاد الكرة، برمجة أدوار مباريات بطولة كأس رئيس الدولة، بناءً على مخرجات الاجتماع التنسيقي، الذي عقد مع لجنة دوري المحترفين، حيث تقام مباريات دور الـ16، يومي الجمعة والسبت 26 و27 فبراير 2016، ودور الثمانية يوم الخميس 12 مايو، ودور الأربعة يومي الجمعة والسبت 20 و21 مايو، على أن تلعب المباراة النهائية يوم الأحد 29 مايو 2016. واعتمدت اللجنة الملاعب ومواقيت المباريات لدور الـ16، وطالبت الأندية بمراجعة النظام الإلكتروني (FA- Net)، للحصول على جدول المباريات. في الصعيد ذاته، أجرت لجنة المسابقات تعديلاً على برمجة دوري الدرجة الأولى، حيث تقرر إقامة الأسبوع الرابع يومي 8 و9 يناير بدلاً عن 1 و2 يناير، والأسبوع الخامس يومي 15 و16 يناير بدلاً عن موعده السابق 8 و9 يناير، والأسبوع العاشر يومي 19 و20 فبراير بدلاً عن يومي 26 و27 فبراير، وذلك لتعديل مواعيد فترة التسجيل الثانية، التي تبدأ في 31 ديسمبر، وتنتهي 25 يناير 2016، ولتزامنها مع دور الـ16 لكأس رئيس الدولة. كما بعثت اللجنة تعميماً إلى الأندية التي تقام مباريات البطولة على أرضها، للقيام بالتجهيزات التي تطلبها المباريات.