أولا ــ يعد النظام نظاما إجرائيا أخذ فيه بمبدأ التوازن بين الأخطار التي تؤول إليها تلك الجرائم، وبين حماية حقوق الإنسان التي حفظتها وأكدت عليها الشريعة الإسلامية. ثانيا ــ حدد النظام، بشكل دقيق، المراد بالجريمة الإرهابية بأنها كل فعل يقوم به الجاني تنفيذا لمشروع إجرامي فردي أو جماعي بشكل مباشر أو غير مباشر، يقصد به الإخلال بالنظام العام، أو زعزعة أمن المجتمع واستقرار الدولة أو تعريض وحدتها الوطنية للخطر، أو تعطيل النظام الأساسي للحكم أو بعض مواده، أو الإساءة إلى سمعة الدولة أو مكانتها، أو إلحاق الضرر بأحد مرافق الدولة أو مواردها الطبيعية، أو محاولة إرغام إحدى سلطاتها على القيام بعمل ما أو الامتناع عنه، أو التهديد بتنفيذ أعمال تؤدي إلى المقاصد المذكورة أو التحريض عليها. ثالثا ــ حدد النظام، بشكل دقيق، الإجراءات اللازمة والضمانات الواجبة عند التعامل مع كل من يشتبه في ارتكابه جريمة إرهابية أو قيامه بتمويلها، ومن أبرز هذه الإجراءات والضمانات، تخويل وزير الداخلية بإيقاف إجراءات الاتهام تجاه من بادر بالإبلاغ عن إحدى الجرائم الواردة في النظام، قبل البدء في تنفيذها، وتعاون مع السلطات المختصة أثناء التحقيق للقبض على مرتكبيها أو على غيرهم ممن لهم صلة بجريمة مماثلة في النوع أو الخطورة، وخول النظام كذلك وزير الداخلية بالإفراج عن الموقوف أو المحكوم عليه أثناء تنفيذ العقوبة.