تعود وقائع قضية اقتحام السجون إلى الأيام الأولى للثورة المصرية عام 2011، حين هرب محمد مرسي، وكان وقتها مجرد قيادي في جماعة الإخوان المسلمين، من سجن وادي النطرون، شمال غرب القاهرة، مع أعضاء قياديين آخرين. وكان مرسي قد أوقف قبل هروبه من السجن بساعات، مع عدد من الأعضاء القياديين في جماعة الإخوان، في إجراء أمني تزامن مع احتدام تظاهرات ثورة 25 يناير، التي استمرت 18 يوما، وفتحت الطريق، لاحقا، أمام جماعته لحكم مصر. وقضت محكمة جنايات القاهرة، الثلاثاء 16 يونيو 2015، بإعدام مرسي والمرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين محمد بديع وأربعة آخرين من قيادات الإخوان هم رشاد البيومي ومحيى حامد ومحمد سعد الكتاتني وعصام العريان. كما حكمت المحكمة بالإعدام غيابيا على الداعية يوسف القرضاوي وأكثر من 80 آخرين. ووفقا للتحقيقات التي انطلقت بعد عزل مرسي من منصبه رئيسا لمصر في 3 يوليو 2013، إثر احتجاجات شعبية على حكمه، فإن من اقتحموا السجون المصرية وقت الثورة ينتمون لكتائب عز الدين القسام، الجناح العسكري لحركة حماس التي تدير قطاع غزة، وحزب الله اللبناني، وأعضاء في جماعة الإخوان المسلمين، إضافة إلى تنظيمات متطرفة من الجماعات الجهادية والتكفيرية وبدو من سيناء ومطروح (على الحدود مع ليبيا).. وعدد من أصحاب الأنشطة الإجرامية. وحددت المحكمة من بين الأجانب الذين هربوا من السجون المصرية حال اقتحامها -وبينها سجنان بمنطقة وادي النطرون كان مرسي نزيل أحدهما- كلا من أيمن عبد الله نوفل ومحمد محمد هادي من حماس وكافة عناصر حزب الله اللبناني بقيادة سامي شهاب. وجاء في قرار الاتهام أن المقتحمين استخدموا لتهريبهم (المسجونين) الأسلحة والطلقات غير المستخدمة في مصر والأسلحة الآلية والغرينوف (أسلحة آلية ثقيلة). وقتل خلال اقتحام السجنين 14 سجينا. وحوكم في قضية اقتحام السجون، بجانب مرسي، 131 آخرون، بينهم المرشد العام للإخوان محمد بديع ونائباه رشاد البيومي ومحمود عزت وقياديون آخرون في الجماعة، وفلسطينيون ولبنانيون تقول السلطات إنهم أعضاء في حركة حماس التي تدير قطاع غزة وحزب الله اللبناني، لكن كثير من المتهمين هاربين. وأدانت المحكمة المتهمين بعدة تهم من بينها خطف وقتل وشروع في قتل ضباط شرطة وحرق ومهاجمة منشآت حكومية وشرطية واقتحام سجون والهروب منها وقت الانتفاضة.