ظلت قلعة قايتباي تواصل دورها الكبير في حماية الساحل المصري، قبل أن تسقط أمام جنود الحملة الفرنسية على مصر في عام 1798 ميلادية، بعد أن نجح نابليون بونابرت في الاستيلاء عليها، ومن ثم على مدينة الإسكندرية بكاملها. وأهملت القلعة على نحو كبير قبل أن يتعهدها محمد علي باشا بالرعاية والاهتمام، فعمل على تحصينها وتجديد أسوارها وتزويدها بالمدافع، بالإضافة إلى بناء العديد من الطوابي والحصون بطول الساحل الشمالي لمصر. وتعرضت القلعة لتدمير شديد في أعقاب ثورة أحمد عرابي في 1882 ميلادية، عندما قصف الأسطول الإنجليزي مدينة الإسكندرية، قبل أن يضربها الإهمال لعقود وتقوم لجنة حفظ الآثار العربية في عام 1904 ببعض أعمال الصيانة لها، لتواصل وقوفها الشامخ على الساحل الشمالي للبلاد، قبل أن تنتهي الحكومة المصرية قبل سنوات من عملية ترميم شاملة لذلك الأثر التاريخي العظيم، ليتحول إلى تحفة أثرية على شاطئ مدينة الثغر. ويرجع تاريخ إنشاء القلعة إلى عام 882 هجرية، عندما أمر السلطان الملك الأشرف أبو النصر قايتباي المحمودي بإنشائها عند الطرف الشرقي لجزيرة فاروس، في مكان منار الإسكندرية القديم، الذي تهدم إثر زلزال عنيف ضرب مصر في أيام الملك الناصر محمد بن قلاوون. وخضع المنار لعملية ترميم كبرى، قبل أن يتهدم عن آخره مرة أخرى. ومما يروي في إنشاء القلعة أن السلطان قايتباي زار الإسكندرية ذات مرة، وتوجه إلى موقع المنار القديم، وعندما شاهد ما حل به من دمار، أمر ببناء طابية عظيمة، أنهى المهندسون المصريون بناءها في عامين وافتتحها السلطان في احتفال عظيم. وتصل المساحة الكلية لقلعة قايتباي إلى نحو 17550 متراً تضم أسوارها الخارجية واستحكاماتها الحربية. ويحيط السور الأول بالقلعة من الجهات الأربع، بينما يطل الضلع الشرقي للسور على البحر، ويبلغ عرضه نحو مترين وارتفاعه ثمانية أمتار، ولا يتخلل هذا السور أي من الأبراج. ويعد الضلع الغربي للسور الأكبر من حيث السمك من باقي أسوار القلعة، ويتخلل هذا الضلع ثلاثة أبراج مستديرة، ويعد هذا السور هو أقدم الأجزاء الباقية، أما الضلع الجنوبي فيطل على الميناء الشرقية، ويتخلله ثلاثة أبراج مستديرة ويتوسطه باب، فيما يطل الضلع الشمالي على البحر مباشرة، وهو ينقسم إلى قسمين: السفلي عبارة عن ممر كبير مسقوف، بني فوق الصخر مباشرة، وهو يضم عدة حجرات، أما العلوي فهو ممر به فتحات ضيقة تطل على البحر، أما الأسوار الداخلية فقد بنيت من الحجر. وتحيط الأسوار الداخلية بالبرج الرئيسي للقلعة من جميع جهاته، ما عدا الشمالية، ويتخلل هذا السور من الداخل مجموعة من الحجرات المتجاورة، أعدت كثكنات للجند، وهي خالية من أي فتحات، عدا فتحات الأبواب والمزاغل التي خصصت للتهوية من ناحية، وللدفاع من ناحية أخرى. ويقع البرج الرئيسي للقلعة بالناحية الشمالية الغربية من مساحة القلعة، ويتكون البرج الرئيسي للقلعة من بناء مربع الشكل مكون من ثلاثة طوابق، يخرج من كل ركن من أركانه الأربعة برج دائري، يرتفع عن سطح البرج الرئيسي. على امتداد تاريخها، حظيت قلعة قايتباي باهتمام كبير من سلاطين مصر، بسبب موقعها الجغرافي الحيوي والخطير من الناحية العسكرية من جانب، وعظمة بنائها ودقة معمارها من جانب آخر، فأمروا بزيادة قوة حاميتها وشحنها بالسلاح والعتاد، وعندما دخل العثمانيون مصر، استخدموا القلعة مقراً لحاميتهم، وجعلوا بها طوائف من الجند المشاة والفرسان والمدفعية للدفاع عنها.