كان جاسم الخرافي يرى ان تفعيل اداء مجلس الامة التشريعي والرقابي يتطلب اسلوباً جديداً للرئاسة يتسم بالقدرة على مد الجسور مع الجميع، وتحقيق التشاور والتنسيق المطلوبين للعمل الجماعي بالمجلس، وتكوين الثقة المطلوبة مع مختلف اعضائه على أساس أن ذلك هو الكفيل بتوحيد صف المجلس وتمهيد الطريق له لأداء مهامه بفاعلية. ومن هذه القناعة انطلق الخرافي لترشيح نفسه لرئاسة مجلس الامة في انتخابات مجلس الامة عام 1996 والتي فاز بها أحمد السعدون. وفي انتخابات مجلس الامة في فصله التشريعي التاسع في 1999، فاز الخرافي بمنصب رئاسة مجلس الأمة بـ 37 صوتاً بفارق 10 اصوات عن منافسه النائب احمد السعدون. وحرص الخرافي منذ توليه رئاسة المجلس على اسلوب جديد فى ادارة الجلسات وفي القيادة، ادارة يلتقي عندها الجميع، وتعطي الفرصة للجميع، وتكون قريبة من الجميع. وتأكيداً لهذا الاسلوب الجديد في الرئاسة الذي أصّله وانتهجه الخرافي كرئيس لجميع النواب على اختلاف انتماءاتهم، ورئيس للمجلس والحكومة في الجلسات، فقد التزم مبدأ الحياد في ادارة الجلسات والمناقشة حتى تتوافر للرئاسة القدرة على تنسيق المواقف، ومد جسور الثقة مع مختلف الكتل والتيارات، والاتفاق على الاولويات والقضايا المطروحة، وقد اثمر ذلك عن نتائج ايجابية مهمة وعلى رأسها التحرك بشكل جماعي للمجلس لمواجهة القضايا المطروحة. ولعل ابرز ما تميز به الخرافي في رئاسته للمجلس هو الصراحة والجرأة ونقد الذات قبل انتقاد الاخرين. وبدأ في تنفيذ اجراءات اصلاحية تدريجية لتفعيل أداء المجلس، منها توسيع نطاق مهام نائب الرئيس، وتنشيط عمل مكتب المجلس وتفعيل مهامه، وتغيير انعقاد الجلسات من يوم واحد اسبوعيا إلى يومين كل اسبوعين مما قلّل من حدة مشكلة غياب نصاب الجلسات وساهم في تركيز الجلسات واتاح فرصة أكبر لعمل اللجان، بالاضافة إلى ادخال المكننة الالكترونية في معظم النظم الادارية والفنية، وتأصيل تقليد برلماني مهم تمثل في عقد اجتماعات تشاورية غير رسمية بين الاعضاء لبحث المستجدات وتحديد الاولويات، وتطوير عمل لجان المجلس والسكرتاريات الفنية التابعة لها، ومكننة مضابط الجلسات، وتحديد مدة الحديث في الجلسات للاستفادة من الوقت، وتشكيل الوفود البرلمانية وفق معايير موضوعية، وترشيد الانفاق وغيرها من الاجراءات ذات الصلة المباشرة أوغير المباشرة بتطوير وتفعيل الاعمال والادوات البرلمانية.