كشفت الاستراتيجية الجديدة لديوان المراقبة العامة والتي سيتم العمل بها لخمس سنوات مقبلة أن هناك فجوات وصعوبات وثغرات تواجه الديوان ،منها الحاجة الى تحقيق الاستقلال المالي والاداري الكامل للديوان،وتعزيز الجهود الرامية لدعم الشفافية والمساءلة، وصعوبة جذب الكفاءات والمحافظة عليها بسبب ضعف الحوافز وتوفر فرص جاذبة خارج الديوان وتتضمن الصعوبات- وفق الاستراتيجية الجديدة- وجود نقص في الكوادر الفنية المؤهلة تأهيلاً مهنيًا عاليًا،وتسرّب المدققين من ذوي الخبرة بسبب شدة المنافسة ووجود فرص بديلة ،وضعف الولاء الوظيفي من قبل بعض الموظفين ،ومحدودية تطبيق المعايير المهنية وأدلة الرقابة من قبل المدققين في تنفيذ المهام الرقابية ،ووجود فجوة بين الاجراءات المعتمدة والاجراءات المطبقة فعليًا، وعدم تفعيل استخدام تقنيات ونظم المعلومات بشكل كامل . وأكدت الاستراتيجية الحاجة لتطبيق اإطار قياس أداء الديوان، و تطبيق نظام الجودة على العمليات الرقابية ،مشيرة الى ضعف مشاركة موظفي الديوان في البحوث والدراسات ذات العلاقة باختصاص الديوان ،وضعف الآلية التي تمكّن من متابعة تنفيذ توصياته، والبطء في تبليغ نتائج المراجعة فيما وضع الديوان عدة خطوات لتلافي كافة الصعوبات والعوائق من خلال فرق عمل ستقوم بهذا الامر.